答：符合条件的境内委托研发，通常按实际发生额的80%计入委托方研发费用，再计算加计扣除，并非直接以全部合同金额为基数。

假设这100万元确属符合条件的研发费用，并已实际支付给受托方，按一般规则计入加计扣除计算基数的是80万元。这里的80%是归集比例，不是所得税税率，也不代表全部合同支出只有80%可以作普通税前扣除。

同时，要区分委托研发与技术采购、检测、咨询等业务，不能只凭合同名称判断。委托关联方研发的，还涉及受托方提供研发项目费用支出明细的要求；受托方不能就这项委托研发费用再次加计扣除。

企业可以把合同、付款记录、技术成果及过程资料放在同一项目下管理，便于核对。